戚本禹出生于1931年，山东威海人。11岁的时候，他迁居上海，并在那里读书。读书期间，戚本禹阅读了很多与马克思主义革命理论有关的书籍，并对马克思主义产生了浓厚的兴趣，1949年，他还在读高中时便加入了我党，成为一名党员。
新中国成立后，戚本禹被调到北京，主要从事机要方面的工作，上世纪60年代初期，他开始重点关注历史书籍，并在研究历史方面下了很大的功夫。1963年，戚本禹发表了有关太平天国将领李秀成的文章，不仅得到毛主席的表扬，而且还引起史学界的重视。自此之后，戚本禹成为名人。
1966年，那段特殊历史时期开始后，中央文化革命小组成立，戚本禹也进入了这个小组，成为小组的成员之一。也是这一年，长期担任毛主席秘书的田家英被解除职务，田家英被解除职务后，戚本禹接替了他的工作，并担任了毛主席的秘书。
有的资料讲戚本禹与田家英关系不好，而且田家英被解除职务与戚本禹有关，其实这是错误的。应该说，戚本禹与田家英的关系是非常好的，而且田家英曾经有恩于戚本禹，戚本禹也一直记着田家英这份恩情。田家英被解除职务后，由戚本禹接替，完全是上级的安排，而且当天中组部部长安子文也是带着戚本禹当面向田家英宣布这一决定的。
值得一提的是，那段时期的戚本禹非常积极，到处煽风点火，并且发表了大量的讲话与谈话，造成了非常不好的影响。另外，戚本禹还参与迫害了很多开国元勋，比如彭老总。
庐山会议后，彭老总赋闲了一段时间，后来复出，被调到四川，担任了“三线”建设委员会副主任。正是戚本禹，专门指使造反派把彭老总从四川揪回北京批斗，使得彭老总的身心受到极为严重的迫害。
1967年，七二零事件之后，与戚本禹同在中央文化革命小组工作的关锋与王力逐渐失势，8月，关锋与王力被宣布“请假检讨”，并被隔离审查。需要说明的是，当时戚本禹并没有被审查，主要是毛主席还想给他一次机会。
对戚本禹的态度，毛主席是“先不抓，看一看，争取一下”。因此，“王、关、戚”三人中，只有关锋与王力被宣布“请假检讨”。不过，在这之后，戚本禹并没有改观，1968年1月，也就是他担任毛主席秘书后两年，戚本禹被隔离审查，并被撤销党内外一切职务。
被隔离审查后，戚本禹被关入秦城监狱。1980年，他被北京市公安局依法逮捕。1983年，经北京市中级人民法院审判，戚本禹因反革命宣传煽动罪、诬告陷害罪等罪名被依法判处有期徒刑18年，刑期自1968年被隔离审查开始计算。
1986年，戚本禹刑满释放，此后他被安排到上海市图书馆收藏部，成为一名图书管理员，一直工作到上世纪90年代退休。退休之后，戚本禹主要生活在上海，闲暇时间，他主要研究学问，撰写了包括回忆录以及三国人物、两晋、明清人物等很多历史人物的研究。不过，戚本禹的回忆录有很多美化自己以及江青的地方，引起过非议。2016年，戚本禹在上海病亡，终年85岁。
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